세무조사
절차 위반이면 세금도 무효?
세무조사는 국세청이 납세자의 신고 내용과 세금 납부 현황을 확인하기 위해 진행하는 절차이지만, 국세기본법 및 세법에서 정한 절차를 준수해야 합니다. 이러한 절차를 위반하면, 조사 자체가 위법해질 뿐만 아니라, 그 결과에 따른 세금 부과도 무효가 될 수 있습니다. 이를 세무조사의 절차적 위법성이라고 합니다.
문제는, 많은 납세자가 세무조사 과정에서 위법한 절차를 인지하지 못한 채 과도한 세금 부담을 떠안고 있다는 점입니다. 사전 통지 없이 이루어진 조사, 조사 범위를 초과한 과세, 중복 조사 등은 모두 납세자의 권리를 침해하는 위법 행위에 해당할 수 있습니다. 그렇다면, 어떤 경우에 세무조사의 절차적 위법성을 주장할 수 있으며, 이에 대한 대응 방법은 무엇일까요?
by 온주영 세무사(세무법인 혜움 컨설팅팀)

⚖️ 세무조사의 절차적 위법성 유형
📢 사전 통지 의무 위반
국세기본법 제81조의 7에 따르면, 세무조사를 하기 전 조사대상, 세목, 조사기간, 조사 사유 등을 사전 통지해야 합니다(단, 긴급한 탈세 혐의 등 특별한 경우에는 예외).
납세자에게 사전 통지 없이 갑자기 세무조사를 개시하는 경우
사전 통지한 조사 목적과 다른 내용으로 조사하는 경우
[국세기본법 제 81조의 7] ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의 2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의 15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 “사전통지”라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. (2024. 12. 31. 개정)
🚨 조사 목적 일탈 및 조사 범위 초과
세무조사는 사전 통지된 목적과 범위 내에서만 이루어져야 합니다. 하지만 국세청이 통지된 범위를 초과하여 조사하는 경우, 절차적으로 위법합니다.
부가가치세 조사로 통지했는데, 법인세까지 조사하는 경우 등
🔁 중복조사 금지 원칙 위반
국세기본법 제81조의 4 [세무조사권 남용 금지] 2항(중복조사 금지 원칙)에 따라 동일한 과세기간 및 세목에 대해 정당한 사유 없이 반복적인 세무조사는 할 수 없습니다.
특별한 탈루 혐의가 없음에도 불구하고 동일한 과세기간에 대해 반복적으로 조사를 진행하는 경우 등
[국세기본법 제81조의 4 2항]
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의 2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의 15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
제81조의 11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
⚠️ 납세자 권리 침해 (강압적 조사, 변호사.세무사 입회 제한)
국세기본법 제 81조의 5에 따라, 납세자는 세무조사 과정에서 변호사 또는 세무사의 도움을 받을 권리가 있습니다.
세무조사 과정에서 변호사, 세무사의 입회를 거부하는 경우
조사 과정에서 강압적으로 진술을 강요하는 경우
조사 대상이 아닌 부분까지 서류 제출을 요구하는 경우
[국세기본법 제81조의 5]
납세자는 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다)를 받는 경우에 변호사, 공인회계사, 세무사로 하여금 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술하게 할 수 있다.
세무조사의 절차적 위법성과 관련된 판례
[대법원 2021두32088, 2024.03.12]_증여세 세무조사의 적법 여부가 문제된 사건
과세관청이 A 회사에 대한 법인세 세무조사를 실시하면서, B 회사와 B 회사의 주주들인 원고들을 세무 조사 대상으로 선정하여 이 사건 세무조사를 실시한 후 B 회사의 실제 사주인 甲이 원고들에게 B 회사 주식을 명의신탁 하였다는 이유로 원고들에게 증여세를 부과하자, 원고들이 그 증여세부과 처분의 취소를 구한 사안임.
원심은, 원고들의 증여세 신고가 없었음에도 원고들을 세무 조사 대상으로 선정하기 위해서는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 각 호의 세무 조사 대상 선정 사유가 존재하여야 하는데, 이 사건 세무조사는 세무 조사 대상 선정 사유를 갖추었음이 증명되지 않았다는 이유로 위법하고, 그에 근거한 증여세 부과 처분도 위법하다고 판단하였음.
대법원은, 원심과 달리 증여세와 같은 부과 과세 방식의 세목의 경우에는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 각 호의 세무 조사 대상 선정 사유가 존재하지 않더라도 같은 조 제4항에 의하여 세무조사 대상 선정이 가능하다고 보면서도, 피고들이 주장하는 사정만으로는 원고들을 세무 조사 대상으로 선정할 당시 객관적으로 보아 원고들이 이 사건 주식 관련 증여세 납세 의무자에 해당한다고 합리적으로 추정하기는 어렵다는 이유로 결론적으로 이 사건 세무조사와 그에 근거한 증여세 부과 처분이 위법 하다고 보아, 피고들의 상고를 기각함.
[대법원 2014두8360, 2017.03.16]_현지확인과 세무조사의 구별
피고 세무서 소속 직원들은 매출 누락의 탈세 제보에 관한 사실 확인을 위하여 현지 확인 계획에 따라 수 회에 걸쳐 원고 사업장에 출장을 가서 거래 명세표와 컴퓨터 하드디스크를 제출받고, 노트와 메모를 점검하여 차명 계좌로 의심되는 계좌에 관한 정보 등을 확인한 다음, 2개월 후 다시 세무조사를 실시하여 부과 처분을 하였는 바, 앞서 실시된 현지 확인은 실질적으로 매출 누락 사실을 확인하기 위하여 포괄적으로 질문 조사권을 행사하고 과세 자료를 획득한 것이어서 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하고, 따라서 이후 실시된 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당하므로 이 사건 처분은 위법하다고 판단한 사안임.
[대법원 2014두12062, 2015.02.26]_재조사에 해당하여 부과처분 취소
원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, ① 피고가 2011. 7. 6. 원고에게 조사 대상 세목을 ‘법인세 부분 조사’로, 조사대상기간을 ‘2006. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지’로, 조사범위를 ‘본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련된 사항’으로 한 세무조사 결정 처분을 하고, 이에 따라 세무조사를 실시한 사실, ② 피고는 2012. 3. 21. 다시 원고에게 조사대상 세목을 ‘법인제세 통합조사’로, 조사대상기간을 ‘2009. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지’로 하는 이 사건 세무조사결정처분을 한 사실 등을 알 수 있다.
이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 세무 조사 결정처분 중 2010 사업연도 법인세 부분은 특별한 사정이 없는 한 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고(2009 사업연도 법인세 부분에 대하여는 원심에서 그 취소를 구하는 원고의 청구가 인용되었고, 이에 대하여 피고가 상고하지 아니하였다), 그에 앞서 이루어진 세무조사의 대상이 본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련한 부분에 한정되었고 이 사건 세무 조사 결정 처분의 조사 대상에서는 그 부분이 제외되었다고 하여 달리 볼 수는 없다.
🛡️ 납세자 보호를 위해 혜움이 할 수 있는 일
👀 세무조사 입회 및 대응
납세자와 함께 조사에 참여하여 부당한 조사가 이루어지지 않도록 감시
조사 과정에서 위법한 요구(예: 과도한 자료 제출 요구, 변호사·세무사 배제 등)가 있으면 즉시 이의 제기
❌ 강압적 조사 및 부당한 진술 강요 방지
조사관이 납세자에게 강압적으로 불리한 진술을 요구하는지 확인
강압적 진술이 있으면 이를 공식적으로 기록하여 증거 확보
📌 조사 대상 범위 초과 여부 확인
조사관이 사전 통지된 범위를 넘어 다른 세목까지 조사하려는 경우 즉시 문제 제기
필요시 조사 중지 요청 및 법적 대응 준비
⏳ 조사기간 준수 여부 점검
조사 개시일부터 종료일까지의 기간을 철저히 관리
조사기간이 불필요하게 연장될 경우 국세청에 문제 제기
"조세 정의를 실현하고, 불합리한 세무조사 관행을 바로잡기 위해 적극적으로 대처하겠습니다. 혜움은 세법의 수호자로서, 정당한 과세와 납세자의 권익 보호를 최우선으로 삼겠습니다. 세무조사는 단기간에 끝나지 않을 수도 있습니다. 혜움은 납세자가 마지막까지 안심할 수 있도록 책임지고 끝까지 함께하겠습니다."
세무조사 관련 상담이 필요하면 언제든 혜움과 상의하세요.