잘못 신청한 R&D 세액공제
세무조사 부른다?
기업이 연구개발(R&D)에 투자할 때 가장 중요한 세제 혜택 중 하나가 바로 연구·인력개발비 세액공제입니다. 하지만 세액공제 신청을 잘못하면 예상치 못한 세무조사가 나올 수도 있다는 사실, 알고 계셨나요? 오늘은 실제 추징된 사례들을 통해 연구·인력개발비 세액공제에 대해 세무조사가 나오는 이유와 세무조사가 나왔을 때 어떻게 대응해야 하는지 살펴보겠습니다.
by 온주영 세무사(세무법인 혜움 컨설팅팀)
📌 연구·인력개발비 세액공제, 왜 세무조사가 나오나요?
국세청은 연구·인력개발비 세액공제 신청 기업을 정기적으로 점검하며, 특히 과도한 세액공제를 신청한 기업은 세무조사 대상으로 선정될 가능성이 높습니다.
🔎 국세청이 세무조사를 나오는 이유
연구원 인건비를 과다 계상한 경우
비연구 인력 또는 겸업하는 인원을 연구원으로 신고한 경우
연구개발과 무관한 비용을 연구개발비로 공제한 경우
국고보조금을 받은 연구개발비를 중복 공제한 경우
수탁 연구개발비를 포함한 경우
📌 연구·인력개발비 세액공제, 추징된 사례 (CASE 4개)
🔎 케이스 1: 연구원? 영업사원? 겸직하면 공제 안 된다!
법인 A의 일부 연구원은 연구를 전업으로 수행하지 않고, 홍보·영업 등 연구와 무관한 업무를 겸직하였습니다. 그러나 법인 A는 연구원의 모든 인건비를 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 신고하였습니다. 국세청은 해당 연구원이 수행한 업무는 ‘홍보 및 영업’, ‘고객 및 본사 업무 대응’ 등으로 연구와 직접적인 관련이 없다고 판단하고 과다공제된 억대의 세액공제 받은 금액을 추징하였습니다.
🔎 케이스 2: 불법 R&D 브로커를 통한 연구·인력개발비 부당 세액공제!
치과기공업을 영위하는 B·C·D·E 기업은 자체 연구개발 활동이 없음에도 불구하고, 인건비 O억 원에 대해 연구·인력개발비 세액공제 O천만 원을 신청했습니다. 조사결과 동일한 컨설팅 업체와 거래한 것이 확인되고 제출한 연구보고서도 타사의 논문과 특허를 복제한 것으로 드러나 부당하게 공제받은 연구인력개발비가 모두 추징되었습니다.
🔎 케이스 3: 국고보조금 받은 연구개발비? 세액공제 안 된다!
법인 F는 연구개발을 위해 국가로부터 국고보조금을 수령한 후 연구개발을 수행하면서 지출한 비용을 기재할 때 해당 금액을 포함해 세액공제를 신청했습니다. 그리고 세무조사에서 해당 사항이 적출되면서 국고보조금으로 지출한 연구개발비에 대한 경정·고지를 받는 것으로 종결되었습니다.
연구인력개발비에서 제외하는 비용은 조세특례법 시행령 9조 1항에서 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액, 국가등으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액이라고 명시하고 있습니다.
🔎 케이스 4: 수탁 연구개발비는 세액공제 대상이 아니다!
법인 G는 연구전담 부서에서 자체 연구개발과 수탁 연구개발을 동시에 수행했습니다. 그리고 공동으로 지출된 연구개발 비용을 세액공제 대상으로 보고 연구·인력개발비 세액공제를 신청했습니다. 하지만 국세청은 수탁 연구개발 관련 비용은 의뢰 기관으로부터 받은 비용으로 지출된 것이므로 기업이 자체적으로 부담한 연구개발비를 제외한 수탁 연구개발비는 세액공제 대상에서 제외하였습니다. 수탁 연구개발과 자체 연구개발 비용을 연구개발 수행시간, 투입인력, 사용된 연구비 등을 근거로 체계적으로 안분하는 것이 중요합니다.
🚨 세무조사가 나왔을 때, 기업의 대응 방법
세무조사는 사전 준비 없이 맞닥뜨리면 기업에 큰 부담이 될 수 있습니다. 기업이 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다면, 세무조사를 대비한 철저한 준비가 필수입니다.
1️⃣ 연구개발비 관련 증빙자료를 철저히 준비합니다
세무조사 시 가장 중요한 것은 ‘증빙자료’입니다. 국세청은 연구개발비 세액공제를 신청한 기업에 대해 세부 내역과 관련 증빙을 요구합니다.
연구원들의 근무 기록, 급여 지급 내역
연구개발 관련 과제 수행 기록, 보고서, 연구일지
연구비 지출 내역, 영수증, 계약서
2️⃣ 연구원의 업무 내역을 명확히 정리합니다
연구원이 실제로 연구개발 업무만 수행했는지 확인해야 합니다.
연구개발과 무관한 업무(홍보·영업 등)를 수행한 연구원이 포함되어 있으면 즉시 수정해야 합니다.
연구원들은 한국산업기술진흥협회(KOITA) 연구원 등록 여부를 미리 점검하세요.
3️⃣ 연구개발비 성격을 정확히 구분합니다
연구개발과 직접 관련된 비용과 일반 관리비용을 명확히 구분하세요.
수탁연구개발 또는 공동연구개발을 수행한 경우, 수탁연구와 공동연구기관과의 계약서, 비용 정산 자료를 정리하세요.
국고보조금을 활용한 연구개발비는 세액공제 대상에서 제외해야 합니다.
4️⃣ 전문가와 상담하여 미리 대응 전략을 수립합니다
세무조사는 기업 내부에서만 대응하기 어려울 수 있습니다.
연구개발비 세액공제와 관련한 세무전문가와 상담하세요.
필요할 경우, 세무조사 대응을 위한 세무법인의 조언을 받는 것도 방법입니다.
"세무 전문가와 함께 연구개발비 세액공제 신청 내역을 사전 점검하면 불필요한 리스크를 줄일 수 있습니다. 연구·인력개발비 세액공제 신청부터 세무조사 대응까지 어렵다면 전문가와 상담하여 진행하는 것이 가장 좋은 선택입니다."
세무조사 관련 상담이 필요하면 언제든 혜움과 상의하세요.
